تولى الأمر بعد والده الشيخ ذياب بن عيسى بن نهيان آل نهيان سنة 1793 . و من مجريات الأحداث يعتقد أن قبيلة بني ياس توزعت بين الشيخ هزاع الذي يعتقد أنه أقام في أبوظبي بعد مقتل الشيخ ذياب و القسم الآخر انضم إلى الشيخ شخبوط الذي يعتقد أنه ذهب بأنصاره إلى الظفرة .
و في سنة 1795 تمكن الشيخ شخبوط من القبض على عدد من أنصار هزاع و أعدامهم و هرب هزاع إلى منطقة جبل الظنة و اختفى هناك و انتهت أخباره نهائيَاً . و أحكم الشيخ شخبوط سيطرته على الإمارة و القبيلة . و نجد بعد ذلك أن الشيخ شخبوط يعين الشيخ هزاع بن هزاع بن زعل حاكماً على دبي . ونقل الشيخ مقر الإمارة من زاحة (المارية) في (ليوا) إلى داخل جزيرة أبوظبي و أخدت اسم (إمارة أبوظبي) .
و في سنة 1799 كان الصدام المسلح بين القوات السعودية التي أرسلها ألإمام عبدالعزيز بن محمد أمير نجد بقيادة أمير الإحساء إبراهيم بن عفيصان لغزو أراضي البريمي و بين قوات بني ياس و القواسم و تمكنت القوات السعودية من إحراز عدة انتصارات مما حد ببني ياس أن يرسلو وفداً إلى الدرعية لطلب الصلح و تمت الموافقة و رفض القواسم الصلح و دخل النعيم في الصلح و شكلت السعودية قوات من النعيم و بني ياس و بني قتب أخدت تهاجم عمان و توقفت بني ياس عن الاشتراك في أحداث السعودية و عمان كما أن هناك مصادر تقول أن الشيخ شخبوط انقلب ضد السعودية و لكن العشر سنوات الأخيرة لم تسجل فيها أحداث ظبيانية .
و في سنة 1816 تنازل الشيخ شخبوط عن الحكم لولده الشيخ محمد بن شخبوط بن ذياب بن عيسى آل نهيان و قرر الإقامة في مزرعته في مدينة العين وظل حاكماً صورياً حتى أنه وقع المعاهدة العامة سنة 1820 ثم أصبح مراقباً حتى سنة 1833 و من سنة 1816 إلى سنة 1818 كانت غير واضحة المعالم .
