تنظيم قاعدة الجهاد في بلاد الرافدين هو اسم لجماعة عسكرية توصف من قبل أتباعها على أنها حركة جهادية أو من قبل معظم دول العالم على أنها على إرهابية. كان يقودها "أبو مصعب الزرقاوي" في العراق وتدّعي أنها تسعى لمقاتلة الأمريكان وحلفائهم والعملاء، وقد كان أسمها السابق "جماعة التوحيد والجهاد" لغاية مبايعة الزرقاوي لأسامة بن لادن، ولم يعد هذا التنظيم موجودا بنفس أسمه حاليا في العراق، حيث أنضمت الجماعة مؤخرا إلى تشكيل يضم ثماني جماعات عراقية مسلحة ويسمى "مجلس شورى المجاهدين في العراق" وتم اختيار "عبدالله رشيد البغدادي" أميرا للمجلس الجديد.
والبعض يعتبره المسؤول عن عدد من العمليات في العراق ومنها:
كما شارك التنظيم في قتال القوات الأمريكية في عدة مدن منها:
وقد كان للتنظيم عدة مجاميع في البصرة تسمى "كتائب الحسن البصري"، كانت قد أنضمت للتنظيم بعد مبايعتها أبو مصعب الزرقاوي، وتقوم بالعديد من العمليات ضد القوات المحتلة.
كما صرح التنظيم في أكثر من مرة إن هدفه هو تحرير العراق وأقامة دولة تحكم بالشريعة الاسلامية في العراق. الأمر الذي لا تؤيده الحكومة العراقية ولا الحكومات الغربية ويقولون إنه سوف يحد من حرية المواطنين وحقوقهم تحت نظام غير ديمقراطي (كما تصفها الولايات المتحدة).
يرى التنظيم ان الشيعة الذين يقاتلون بجانب قوات الاحتلال كفار دماءهم مستباحة، ويرى التنظيم ان الشيعة اذا قتلوا الابرياء فمن حق السنة فالمقابل قتل الشيعة حتى يتوقف الشيعة عن افعالهم من مساندة للاحتلال وقتل للسنة.
ولقد شهد هذين العامين أحداثاً مهمة في التنظيم منها مقتل زعيمه أبومصعب الزرقاوي وأندماج مجاميع صغيرة أخرى معه ليشكلوا بما يعرف بدولة العراق الإسلامية التي أعقبها إنقلاب عشائر الأنبار على التنظيم وطرده من محافظة الأنبار، ومعظم مناطق بغداد.
قبل وبعد مقتل أبو مصعب الزرقاوي، أدرك الامريكيون أنهم غير قادرين على القضاء على مجموعات متفرقة في جميع أنحاء العراق مكونة من 5 و15 فرد ولهذا تم أختراق تنظيم القاعدة عبر ادخال فيه عناصر من مليشيات ومجموعات المرتزقة العربية من البحرين ولبنان والسعودية وغيرهم ، ولتقوم باعمال مسيئة قتل وخطف واعتداء وتفجير وسرقة كما حدث في الحرب الأهلية بالجزائر.
كان تنظيم القاعدة قد فرض نفسة على اهل السنة ويقتل كل من يخالفة ويفجر المفخخات والكلور على الابرياء ويقتل كل من لا ينظم له من الجماعات المسلحة التي تقاتل الاحتلال الامريكي.
وخلال عام 2006، قام زعيم تنظيم القاعدة العراقي ابو حمزة المهاجر بقتل مئات المجاهدين الذين قاتلوا الاحتلال بحجة كون رايهتم عمياء وفرض على الآخرون اما الانضمام لهم أو تسليم سلاحهم أو القتل، فقام بانهاء وجود جماعات جهادية عراقية كاملة كالحركة الإسلامية لمجاهدي العراق، اما الذين انظموا إلى تنظيم القاعدة خوفاً من القتل فكان يطلب منهم القيام باعمال اجرامية كقتل الأطباء والمدرسين وحملة الشهادات وأئمة المساجد وشيوخ العشائر والعلماء وعمليات خطف ونهب، ومن كان يرفض عمل ذالك كان في الغالب يتم قتلة نحراً باعتبارة مرتد خائن لا يطيع أوامر الأمير أبو حمزة المهاجر.
وقد قام ابو حمزة المهاجر بقتل عشرات آلاف من المواطنين بمحافظة الأنبار باعتبارهم مرتدين وعددٍ كبير من زعماء العشائر في الأنبار تنفيذا لمخطط أجرامي يهدف لقتل البارزين من أهل السنة، وجاءت بعدها موجة قتل العلماء والمشايخ البارزين في المحافظة. فقتل الشيخ العالم مفتي الفلوجة وكبير علمائها الشيخ حمزة، وقتلوا الشيخ شوكت غالب، والشيخ محمد العاني، والشيخ المهندس إياد العزي، والشيخ المهندس علي الزند، وتم أغتيال طائفة من أساتذة الجامعات ومن الأطباء ومدراء الدوائر الخدمية ومدراء المدارس ومن معظم فئات المجتمع والكثير الكثير من أهالي مدينة الرمادي والفلوجة، مما أدى إلى إنقلاب كبير على أتباع القاعدة وإلى أعتقالهم وثم أعدامهم في ساحات مدينة الرمادي.
الاغتيالات التي قام بها تنظيم القاعدة قبل وبعد اعلان دولة العراق الإسلامية :