وصلها الإسلام حديثاً ، عندما هاجر إليها 20 ألف مسلم من الصين الشيوعية في سنة (1369 هـ - 1949 م ) ، في إيان سيطرة الحزب الشيوعي على الصين ، ويقدر عدد المسلمين الآن بحوالي 50 ألفاً ، والمسلمون في تايوان في وضع جيد بسبب حرية العقيدة ، فمنهم 27 عضواً في المجالس التشريعية ويتكون المسلمون في تايوان من ، الهوي ، والأتراك ، والأويغور ، والقازاق ، والصينين، وتوجد مساجد في العاصمة تايبيه، وكاوشيونغ (جنوب تايوان) وفي وسط البلاد في تشونج لي، وفي تايشونغ .
توجد "الجمعية الإسلامية الصينية" وتشرف على المساجد والتعليم الإسلامي إلا أنها تفتقر لمدارس ابتدائية إسلامية، ويتم تعليم أبناء المسلمين التايوانيين تعاليم ديانتهم في دروس دينية بالمساجد أو دراسات صيفية. للجمعية عدة مشاريع منها ترجمة معاني القرآن الكريم إلى لغة المندرينية الصينية، وكذلك ترجمة بعض الكتب الإسلامية. وللجمعية مكتبة أطلق عليها اسم "الملك فيصل بن عبد العزيز"، وتصدر الجمعية مجلة موسمية اسمها "لسان الحق" ويتبع الجمعية "جمعية الشباب المسلم الصيني" وجمعية الثقافة الإسلامية الصينية، وتوجد جمعية المسلمين الصينين ورابطة المسلمين الصينين. قامت وفود من رابطة العالم الإسلامي بمكة المكرمة بزيارة تايوان لتفقد أحوال المسلمين بدعوة من الجمعية الإسلامية الصينية، وأرسلت الجمعية الإسلامية الصينية بعثات إلى الدول العربية لتدريس بعض التايوانيين أصول الإسلام.