التنبؤ بالبنية البروتينية إحدى الطرق المعلوماتية الحيوية و الكيمياء النظرية لاستخراج نموذج لشكل البنية البروتينية في شكلها الثلاثي الأبعاد للبروتينات انطلاقا من المعلومات عن تسلسل الحموض الأمينية ضمن البروتين . بشكل آخر ، يمكن ان نقول أنه التنبؤ بالبنية الثالثية إعتبارا من البنية الأولية. مثل هذا الموضوع و تشكيل نماذج للبنية الثالثية للبروتين له تطبيقات عملية كثيرة مثل تصميم الدواء المنطقي rational drug design الذي يعد أحد أكثر الحقول نشاطا بحثيا في الوقت لاراهن كل عامين يتم تقييم فعالية الطرق الحالية من خلال تجربة كاسب CASP .
Bonneau R, Baliga NS, Deutsch EW, Shannon P, Hood L. (2004) Comprehensive de novo structure prediction in a systems-biology context for the archaea Halobacterium sp. NRC-1.Genome Biology. 5(8):R52-68
| طرق تحديد البنية البروتينية | ||
|---|---|---|
| دقة عالية: | X-ray crystallography | NMR | Electron crystallography | |
| دقة متوسطة: | Cryo-electron microscopy | Fiber diffraction | Mass spectrometry | |
| مطيافية: | NMR | Circular dichroism | Absorbance | Fluorescence | Fluorescence anisotropy | |
| انتشار انتقالي: | Analytical ultracentrifugation | Size exclusion chromatography | Light scattering | NMR | |
| انتشار دوراني: | لاتماثل المناحي التألقي Fluorescence anisotropy | انكسار التدفق الثنائي Flow birefringence | إرخاء ثنائي الكهربية | NMR | |
| طرق كيميائية: | مبادلة هيدروجين-دوتيريوم | استطفار موجه-الموقع | تعديل كيميائي | |
| طرق ترموديناميكية: | فك تطوي توازني Equilibrium unfolding | |
| طرق حاسوبية: | التنبؤ بالينية البروتينية | إقحام جزيئي Molecular docking | |
| →بنية ثالثية | البنية الرابعية← | |
| البروتينات: الطرق المفتاحية للدراسة |
|---|
| تجريبية : Protein purification | Green fluorescent protein | Western blot | Protein immunostaining | Protein sequencing | Gel electrophoresis/Protein electrophoresis | Protein immunoprecipitation | Peptide mass fingerprinting
معلوماتية حيوية : Protein structure prediction | Protein-protein docking | Protein structural alignment | Protein ontology | Protein-protein interaction prediction معايرة Assay : معايرة الإنزيم | معايرة البروتينات | معايرة الإفراز |