وصلها الإسلام منغوليا عن طريق دروب التجارة القديمة ، وعن طريق عناصر القزاف والأيغور منذ عدة قرون ولقد أسهم في نشر الإسلام جوارها لمنطقة تركستان الشرقية. وينتشر المسلمون في ولايات مختلفة من منغوليا أبرزها ولاية يايان أولغي ، وكبنتاي ، ونالاى خان . ولقد كان في منغوليا جماعات مسلمة من الأيغور والدنغان ولكنها هاجرت إلى الصين في أحداث الحدود بين الاتحاد السوفيتي والصين سنة 1960 م، ويقدر عدد المسلمين في منغوليا بحوالي 150 ألف نسمة .
منذ أن سيطرت العناصر الشيوعية على منغوليا ، تعرض المسلمون إلى العديد من التحديات ، فلقد أعدم عدد كبير من الأئمة والمشايخ والمتدينين ، وأحرقت السلطات جميع الكتب الدينية ، وهدمت المساجد وحرمت الشعائر الدينية، وحرم التعليم الإسلامي ، وخلت الساحة من رجال الدين وأصبح الإسلام ذكري في نفوس كبار السن فابتعد المسلمون عن دينهم ، وخضع المسلمون لهذا التحدي طيلة 70 عاماً . ولكن نتيجة لسياسة الانفتاح التي سادت الكتلة الشرقية في السنوات الأخيرة ، سمحت السلطات بدخول الكتب الدينية ، واستخدام لغتهم القومية في التعليم ، وسمحت بارسال بعثات إلى خارج البلاد للتعليم ، ووصلت بعثات إسلامية من جماعة التبليغ من الهند وباكستان ، ووصل إليها بعض الأفراد من القزاق المسلمين الذين يعيشون خارج منغوليا .