إن وصول الإسلام إلى هذه المنطقة مرتبط بفتح خراسان و بلاد ماوراء النهر ، فبعد معركة القادسية امتد نفود الإسلام إلى بلاد فارس ، ثم نهر جيجون ثم انتقل إلى منطقة وادي فرغانة ففي الفترة الواقعة بين سنتي 94و96 من الهجرة ، فتح القائد قتيبة بن مسلم منطقة وادي فرغانة وتجاوزها نحو الشرق حتي وصل حدود الصين ، وتم ذلك بفتح كاشغر ، وأكمل صالح بن مسلم ، فتح باقي منطقة وادي فرغانة ، وفتح كاسان وأورشت في وادي فرغانة ، واستمر انتشار الدعوة طيلة العصر الأموي .
وفي العصر العباسي ازدادت صلة الخلفاء العباسين بفارس وخراسان ووسط آسيا ، ووثق عصر المأمون صلة بني العباس بهذه المنطقة ، وازدهرت الدعوة في عهد السامانيين والغزنويون ، وفي عهد الأتراك السلاجقة الذين كونوا دولة واسعة واجتاح المغول منطقة وسط آسيا بعد ضعف الدولة السلجوقية ، ولما ضعفت دولة المغول سيطر الروس على المنطقة ، واصبحت طادجيكستان جمهورية اتحادية في سنة 1348 هـ ، وأدي ذلك إلى تناقص عدد المساجد وانعدام التعليم الديني .
ويتبع المسلمون في جمهورية طاجيكستان الإدارة الدينية لمسلمي وسط آسيا والتي توجد في طشقند وفي سنة (1411 هـ- 1990 م ) شهدت طادجيكستان انتفاضة ضد السلطات السوفياتية وأعلن العصيان المدني لم يستطيع الروس قمع الصحوة الإسلامية في هذه المناطق ، وقبل أن ينتهي عام 1991 تفكك الاتحاد السوفياتي وأعلنت طادجيكستان استقلالها .