وصلها الإسلام بعد فتح بلاد الفرس ، فلقد تقدم الأحنف ابن قيس إلى أعالي نهر جيجون في سنة ثلاثين هجرية ، وفي الأمويين تولى أمر خراسان زياد بن أبي سفيان ، وغزا المنطقة الجنوبية من التركستان ، وفي عهد ولاية سعيد بن عثمان خرسان ، اجتاز نهر جيجون في جنوبي أوزبكستان ، فكان أول من اجتاز النهر بقوات إسلامية ، وفتح مدينة بيكد ، وتقع بين بخاري ونهر جيجون ، ثم فتح بخاري صلحاً بعد حصارها في سنة 55هـ ، وأغار على سمرقند ، ولكن بخاري نقضت العهد فتكرر غزوها.
واستقرت أحوال فتح إقليم التركستان في ولاية قتيبة بن مسلم الباهلي في سنة 88 هـ ، ففي عهده دخلت فتوح ما وراء النهر مرحلة حاسمة أخدت أريعة أدوار ، ففي الدور الأول استعاد المناطق التي نكست بالعهد مثل طاخارستان وأعاد فتح بخاري أثناء الدور الثاني ، وقد انتهي هذا الدور في سنة 90 هـ ، وفي الدور الثالث استطاع قتيبة أن يثبت الفتوح في حوض نهر جيجون وبسط نفود الإسلام على بلاد الصفد ، وفي الدور الرابع فتح بلاد حوض نهر سيحون ووصل إلى فرغانة ، وهكذا فتح قتيبة بلاد أوزبكستان فتحاً ثبت دعائم انتشار الدعوة الإسلامية ، وبني أول مسجد في بخاري في سنة 94 هـ.
وفي عهد العباسين في ولاية المعتصم ، اعتنق الإسلام العديد من قبائل التركستان ، واستخدم الأتراك جنداً في جيشه ، وقام السامانيون بنقل الدعوة الإسلامية إلى آفاق جديدة في بلاد التركستان وأخد أمراء السامانيون على عاتقهم نشر الدعوة حتي حدود الصين ، ثم جاء دور السلاجقة في القرن الرابع الهجري .
وكان إسلام المغول دفعة جديدة للإسلام، ولكنها انقسمت الي دويلات بعد ضعفها وبدأت محاولات الروس لابتلاع الدول الإسلامية منذ سنة (964 هـ - 1556 م ) بالاستيلاء على قازان وانتهت بالاستيلاء على التركستان في سنة (1302 هـ - 1884 م ) .
وعندما استولي الشيوعيون على السلطة بدأوا بالاستيلاء على البلاد الإسلامية واحدة تلة الأخري ، وقضوا على اللغة العربية ، وبأوزبكستان مقر الإدارة الدينية لمسلمي وسط آسيا وقازاخستان ، وفي طشقند معهد الدراسات الشرقية ، ومكتب العقيدة الإسلامية ، وكانت لغة الأوزبك تكتب بحروف عربية حتي سنة (1346 هـ - 1927 م ) عندما استبدلها الروس بأبجديتهم ، وتعرف اللغة بالأوزبكية نسبة (للأوزبك ) وهي إحدي اللغات التركية ، وبعد تفكك وانهيار الاتحاد السوفياتي اعلنت أوزبكستان استقلالها في ديسمبر 1991 م .