قبل وصول الإسلام كان السكان على الديانة المجوسية والمسيحية تحت الحكم الساساني ، وكان وصول الإسلام ممثلا في إرسال الحملات إليها في عهد عمر بن الخطاب ، فكانت الحملة الأولى بقيادة عتبة بن فرقد ، وعقد المسلمون صلحاً مع (المرزيان ) حاكم المنطقة ، ثم وصل إليهم حذيفة بن يمان في حملة فتحت أربيل صلحاً ، وغزاهم المغيرة بن شعبة ، والاشعت بن قيس وسراقة بن عمر الذي فتح (باب الأبواب ) دريند وتولى أمرها فرقد السلمي . وبدأ الانتشار الفعلي للإسلام بعد ذلك ، خصوصاً بعد أن عمل الأشعت على استيطان المسلمين في أربيل ، فنزحت إليها قبائل من مصر والشام واستوطنها بنو رواز وهم من القبائل العربية المعروفة وتحولت أربيل إلى مركز إسلامي وقهر الإسلام المجوسية في فترة لاتزيد على 10 سنوات .
وفي عهد الأمويين ازداد الانتشار بالمزيد من المهاجرين إلى المنطقة وأضيفت ولاية أرمنيا في عهد هشام بن عبد الملك بقيادة الجراح بن عبد الله الذي قاد الجيوش لغزو الخزر في شمالي أذربيجان ، وفي أوائل القرن الثاني الهجري كانت السيادة للإسلام ، وازدهرت مدن إسلامية مثل مدينة (ورثان ) و (برزند ) وانتشرت اللغة العربية خلف الإسلام ، حيث أخدت العناصر العربية المهاجرة في دعمها ، وهكذا كان انتشار الإسلام في منطقة أذربيجان أسرع من انتشاره في غيرها من البلاد المجاورة .
وفي عهد العباسيين استمر ازدهار الدعوة الإسلامية ، وتولى يزيد بن أسيد السلمي منطقة الحدود الشمالية واتخد من أذربيجان قاعدة لمد الإسلام إلى الشمال وهكذا استمر دور أذربيجان كقاعدة لبث الإسلام في المنطقة ، واحتل السلاجقة المنطقة في القرن الخامس الهجري ، ثم حكمها المغول وأصبحت جزءاً من امبراطوريتهم ثم أصبحت من أهم معاقل الصفويين ، وبعد ذلك حكمها العثمانيون حكماً إسمياً .وكانت لغة الأزدي (أذربيجان ) تكنب بحروف عربية قبل استبدالها بحروف روسية ، وتنقسم لغة الأذري إلى لهجتين شمالية وجنوبية ، وتنتمي إلى اللغات التركية.
وفي نهاية القرن الثانت عشر أعلنت روسيا القيصرية حمايتها على بلاد القفقاس وأخذت في الاستيلاء على بلدان المنطقة واحدة تلو الأخرى ، وفي سنة 1326 هـ - 1908 م دخل جنود روسيا القيصرية أذربيجان لبالاتفاق مع بريطانيا ، ثم قامت الثورة الشيوعية أثناء الحرب العالمية الأولى ، واعترفوا بحكومة حزب المساواة التي قامت بأذربيجان ، ثم انسحب الحلفاء و أعلن السوفييت قيام نظامهم في باكو سنة 1339 هـ - 1920 م ، و أصبحت أذربيجان جمهورية سوفياتية من الجمهوريات الثلاث لما وراء القوقاز ، ثم دخلت نظام الاتحاد في سنة 1355 هـ - 1936 م .
بعد سيطرة السوفيات عل أذربيجان كان من الطبيعي أن يواجه المسلمون تحدياً في تضييق الخناق على عقيدتهم ، فلقد هاجر الروس أعداداً كبيرة إلى أذربيجان بحيث اصبحوا أكثر من 10 % من السكان ، وتقلص عدد المساجد من 2000 مسجد إلى 16 مسجداً فقط ، كما نقص عدد المدارس الإسلامية بل أصبحت في حكم المنتهية ، وفي باكو الإدارة الدينية الإسلامية لإذربيجان و ما وراء القفقاس و يرأسها مفتي شيعي و نائبه مسلم سني حيث توجد أعداد كثيرة من المسلمين الشيعة، وهذه الإدارة لها نفوذ محدود، وبلغ عدد المسلمين بها 5,259,000 نسمة.
قامت انتفاضة في أذربيجان تطالب بحماية المسلمين في المناطق التي سلبت منها ، كما تطالب باستعادة هذه المناطق مثل زنكيزور ، وقرة باغ ، ونخجوان . وكانت هذه الاقاليم ضمن أذربيجان حسب معاهدة سرفاي سنة 1920 م ، ولقد اشتبك الأذاريون مع الأرمن في المناطق التي تسيطر عليها ارمينيا ، وسقط العديد من الضحايا من الطرفين، واستعملت السلطات سياسة قمع الاضطرابات منذ 13 مارس 1988 م على إثر ممقتل طالب أرمني على يد مدير مدرسة أذري ، فكانت الشرارة التي اشعلت معركة الاضطرابات إلى أذربيجان و ارمينيا ، وما تزال الأمور لم تحل حلا جذرياً و شهدت عام 1991 انهيار الاتحاد السوفياتي ، واعلنت أذربيجان استقلالها و انفصالها عن الاتحاد المنهار.