ولد سنة 1858 بالقاهرة في أسرة مقرَّبة جدًّّا إلى الخديوي إسماعيل. ألقي القبض عليه سنة 1882 أثناء الثورة العرابية وهو يوزِّع منشورات وحُكم عليه بالإعدام بيد أن الحكم خُفِّف وبدِّل إلى حكم بالنفي. فالتحق بأبيه إبراهيم وبالخديوي إسماعيل في أوربَّا وشارك مع أبيه في تأسيس عدة جرائد منها الاتحاد. ثم قضى مدة من الزمان بالأستانة حيث أتيح له أن ينسخ مخطوطات منسية لعدة أدباء من العرب المشهورين أمثال أبو العلاء المعري ونشرها فيما بعد في مصباح الشرق.
ثم ترك أباه بالأستانة سنة 1887 وعاد إلى مصر حيث استأنف نشاطه الصحافي فنشر عدة مقالات في المقطَّم متعلقة بالقضية الوطنية. وتقرَّب إلى الأميرة نازلي فاضل واتصل بمن حولها من الإصلاحيين أمثال محمد عبده وقاسم أمين وحافظ إبراهيم. عاد أبوه إبراهيم إلى مصر سنة 1895 وأسَّس صحيفة مصباح الشرق فتولى محمد بالتدريج رئاسة تحريرها ونشر فيها أشهر عمل له تحت عنوان فترة من الزمان .
فهي سلسلة من مقالات منسوجة على منوال بديع الزمان الهمذاني مسجوعة سجعًا منقنًا. فالراوي، عيسى بن هشام نفس راوي مقامات الهمذاني. بيد أن الشكل إن كان كلاسيكيًا فإن الفحوى حديثة جدًّا إلى درجة أن هذا العمل اعتُبِر همزة وصل بين الأدب العربي القديم وبين الأشكال الفنية الجديدة. ذلك أن نزهة عيسى وصاحبه الباشا في مصر أواخر القرن التاسعَ عشرَ تؤدِّي إلى نقد اجتماعي لاذع بعيد كل البعد عن التطلعات العاطفية والفلسفية التي كانت تَسِمُ الرواية العربية الناشئة. فجمعت هذه المقالات سنة 1907 تحت عنوان حديث عيسى بن هشام وأعيد طبعها مرات كثيرة. وفي نفس الجريدة نشر محمد المويلحي نقد ديوان شوقي وعلاج النفس (وهي سلسلة من المقالات الفلسفية).
بعد موت أبيه سنة 1906 اعتزل محمد الساحة الفكرية شيئًا فشيئًا إلى أن مات بحلوان سنة 1930.