مؤسسة الحرمين الخيرية من أشهر المؤسسات الخيرية الإسلامية السعودية اتهمتها أمريكا بتمويل الإرهاب، تم تأسيسها في مدينة كراتشي الباكستانية عام 1988م.
أشرف على تأسيسها عقيل العقيل وأصبح مديرا لها إلى أن أقيل بعد اتهام الحكومة الأميركية له بتمويل الإرهاب.
بلغ عدد موظفي المؤسسة أكثر من خمسة آلاف شخص في أنحاء العالم معظمهم من المتطوعين، وبعد اتهامها بتمويل الإرهاب اضطرت المؤسسة لغلق 14 مكتبا لها وتم تقليص أطرها إلى 250 موظفا.
في 8 أكتوبر 2004، أعلنت وزارة الشؤون الإسلامية والأوقاف في السعودية حل مؤسسة الحرمين الخيرية، وطلبت من إدارة المؤسسة إغلاق المقار وتسريح جميع الموظفين. وتم توكيل الهيئة السعودية الأهلية للإغاثة والأعمال الخيرية بتولى القيام بنشاطات مؤسسة الحرمين في الخارج.
رفع عقيل العقيل دعوى قضائية في محكمة أميركية بواشنطن العاصمة ضد مسؤولين أميركيين من بينهم وزيرة الخارجية "كوندوليزا رايس" ووزير الخزانة الأميركي "جون سنو" ووزير العدل "ألبرتو غونزاليس" بالإضافة إلى "جوان زاراتي". رفضت الإدارة الامريكية الاعتراف بقانونية رفعه للقضية.
في 11 سبتمبر عام 2005م أعلن قاضٍ من المحكمة الفيدرالية بولاية أوريجون الأمريكية إسقاطاً شاملا لجميع التهم الموجهة إلى مكتب مؤسسة الحرمين الخيرية بمدينة آشلاند في ولاية أوريجون بالولايات المتحدة وعدم أحقية الحكومة في رفع القضية مستقبلا بنفس التهم، وتصادف تاريخ الحكم ذكرى تاريخ أحداث الحادي عشر من سبتمبر.
من إنجازات المؤسسة مشاريع الإغاثة الضخمة في بنغلاديش والبوسنة والهرسك ثم الصومال والشيشان. كما قامت ببناء المراكز الإسلامية والمساجد، وتوزيع ترجمة معاني القرآن الكريم باللغة الإنجليزية. ولها الكثير من النشاطات التي يمكن أن يطلق عليها نشاطات دعوية.