بعد سقوط الجمهورية الديموقراطية الأفغانية المدعومة من قِبل الإتحاد السوفييتي في عام 1992م، تردّت الأوضاع في أفغانستان وشاع قانون الغاب بين القوى الأفغانيّة المتناحرة.
في ربيع عام 1994م، شاع خبر إختطاف وأغتصاب فتاتين عند إحدى نقاط السيطرة التّابعة لأحد الفئات الأفغانيّة المتناحرة في قرية "سانج هيسار" قرب مدينة "قندهار" ونما إلى الملاّ محمد عمر خبر إختطاف الفتاتين فألّف قوة من 30 رجل وسعي مع الرّهط لتخليص الفتاتين وقد نجح في عملية التخليص وقام بدوره بتعليق قائد عملية الخطف والإغتصاب على المشنقة. من هذه اللحظة، وُلدت جماعة طالبان بسبب فعلتهم هذه في تخليص الفتاتين وإضفاء نوع من العدالة والأمن بين القرويين الذين كانوا في أمس الحاجة لهذه الأفعال البطولية.
فرّ الملا عمر بعد هذه الحادثة إلى "بلوشستان" الواقعة في باكستان وعاود الظّهور مرة أخرى في أفغانستان في الخريف إلا أنه هذه المرة كان مدجّجاً بـ 1500 من الرّجال المسلحين والهدف من هذا العتاد كان لتوفير الحماية لقوافل التّجار الباكستانيين لعبور الأراضي الأفغانية مروراً إلى تركمانستان، إلا أن التقارير كانت تفيد أن هذه القوافل لم تكن إلا مقاتلين باكستانيين متخفّين كقوات طالبان. بهذا، تكون طالبان قد تلقّت دعما ماديّاً، عتاديّاً، والتّدريب اللازم من الباكستانيين.
بعد التمكن من السيطرة على قندهار وما حولها، هاجمت طالبان قوات إسماعيل خان المتمركزة في غرب البلاد وتمكنت من السيطرة على مدينة "هيرات" في 5 سبتمبر من عام 1995م. وفي شتاء نفس العام، حاصرت طالبان العاصمة "كابول" وأطلقت الصواريخ على المدينة وقطع الطرق التجارية المؤدية إلى مدينة كابول مما إستدعى من كل من رئيس أفغانستان برهان الدين رباني وقلب الدين حكمتيار المتناحرين التّوقف عن القتال فيما بينهما وتوحيد الصّفوف في مواجهة العدو المشترك طالبان. في 26 سبتمبر من عام 1996م، ترك حكمتيار وربّاني كابول العاصمة واتّجها شمالاً وتخليا عنها لتقع في يد طالبان التي تسلمت مقاليد الأمور في العاصمة وأنشأت إمارة أفغانستان الإسلامية
في أحسن الأحوال، إعترفت باكستان بحركة طالبان كحكومة شرعية في أفغانستان وتلتها العربية السعودية في اليوم التالي وآخر المعترفين في حركة طالبان كممثّل شرعي في أفغانستان كان الإمارات العربية المتحدة. وكانت طالبان تتحكم بالسواد الأعظم من أفغانستان باستثناء الجزء الشمالي الشرقي الذي فرضت قوات "التحالف الشمالي" سيطرتها عليه. لم يعترف باقي العالم بحركة طالبان كممثل شرعي في أفغانستان إلا الدول الثلاث آنفة الذّكر ومن ضمن الذين لا يعترفون بحركة طالبان كممثل شرعي هو منظمة الأمم المتحدة التي كانت لاتزال تنظر إلى "رباني" كرئيس لأفغانستان رغم علم المنظمة بقلة حيلة رباني في السيطرة على زمام الأمور.
تلقت الحركة دعماً لوجيستياً وانسانياً من العربية السعودية في فترة نشأتها وما بعد تمكّن الحركة من الإمساك بزمام الأمور وكانت العربية السعودية وعبر لجانها الخيرية تبعث مليونين دولار سنوياً لتمويل جامعتين، 6 مراكز طبيّة، ورعاية 4000 من الأيتام.
في 22 سبتمبر 2001 ونتيجة ضغوط دولية من أطراف عديدة سحبت كل من العربية السعودية والإمارات العربية المتحدة إعترافهما بحكومة طالبان مما ترك باكستان الدولة الوحيدة التي تعترف بحكومة طالبان. وفي أكتوبر من العام 2001، قامت الولايات المتحدة مدعومة من قبل بلدان أخرى بغزو أفغانستان لرفض حركة طالبان تسليم أسامة بن لادن وقامت قوات تحالف الشمال بخوض المعارك البرية وتم إستبعاد حركة طالبان من دفّة الحكم.