تول الحكم في سنة 1922م تولى حكم امارة أبوظبي بعد تنحية أخيه حمدان بن زايد بن خليفة آل نهيان و أرسل ابنه هزاعا إلى رياض بهدايا إلى سلطان عبدالعزيز ال سعود و شهد عهد حكمه تحولا كبيرا في امارة أبوظبي . و بدأت معالم الدولة الحديثة و كان على قدر كبير من الشجاعة . و كان الشيخ سلطان يهتم بصيد اللؤلؤ و يعتبر تاجراً كبيراً في هذه الصناعة . و قد نحاه أخوه صقر بن زايد آل نهيان .