الكنيسة المقدونية الأرثوذكسية (بالمقدونية: Македонска Православна Црква) وهي كنيسة أرثوذكسية شرقية أعلنت انفصالها عن الكنيسة الصربية الأرثوذكسية عام 1967 ولكنها لم تلق اعترافا بشرعيتها من الكنائس الأرثوذكسية الأخرى. يمتد نطاق سلطانها الكنسي على أتباعها في مقدونيا والمهجر. ويلقب رأسها برئيس أساقفة أوهريد ومقدونيا.
يرأسها منذ عام 2005 رئيس الأساقفة ستيفان Archbishop Stephen of Ohrid، وتشتمل الكنيسة على 13أسقفية في مقدونيا و في الخارج. وتعتبرها شريحة واسعة من المقدونيين بأنها الكنيسة الوطنية للبلاد.