إمبراطورية مالي انفصلت عن الكونغو عام 1230 م. حيث قام قائد ماندينكا سوندياتا كيتا (Sundiata Keita), بتكوين اتحاد للقبائل في الوادي الخصيب بأعالي نهر النيجر وجعل جيرانه تحت سيطرته مؤسسا إمبراطورية مالي وكانت أكبر من مملكة غانا. وأثناء أوجها، امتدت الإمبراطورية من ساحل المحيط الأطلسي بالغرب إلى ماوراء تخوم منحنى نهر النيجر بالشرق، ومن حقول الذهب في غينيا بالجنوب إلى محطّ القوافل التجارية عبر الصحراء بالشمال. وكان إمبراطورها مانسا موسى قد حج لمكة عام 1324 م عبر القاهرة، واستقبله المماليك في القاهرة بحفاوة بالغة. وقد انخفض سعر الذهب بالعالم إثر رحلة الحج تلك لكثرة ما وزع من ذهب على طول الرحلة. وفي هذه السنة أصبحت العاصمة تمبكتو بجنوب غرب نهر النيجر مركز تجارة الذهب وتعليم الإسلام. وفي أواخر القرن 14 استقلت الأقاليم الخارجية. ومن جنوب منحنى نهر النيجر هامت قبائل موسي (Mossi) قلب الإمبراطورية واستولى الطوارق، وهم بدو جنوب الصحراء الكبرى، على تمبكتو العاصمة. وفي سنة 1500 م امتد حكم مالي لمناطق بأعالي نهر النبجر.