يعتقد بأن في إستونيا ما يزيد عن 10 آلاف مسلم مع حلول عام 2006. على الرغم من هذا العديد الكبير نسبياً إلا أنه لا يوجد مسجد في إستونيا. أغلب المسلمين هم من المجموعات العرقية التتارية أو الآذربيجانية الذين هاجر أجدادهم إلى إستونيا بعدما ضمت الإمبراطورية الروسية كلاً من ليفونيا وإستونيا إليها في عام 1721، كما هاجر أجداد الأغلبية المسلمة الحالية خلال فترة الاتحاد السوفييتي بين عامي 1940 و 1991. منذ عام 1860 بدأت الجالية التتارية بعمل النشاطات في مدينة نارفا. تم تحويل مقر لجمع التبرعات الخيرية إلى مسجد في نارفا، كما تم تسجيل جامعين إسلاميين هما نارفا محمدي كوغودوس في عام 1928 وتالينا محمدي أسوهينغ في عام 1939 في زمن جمهورية إستونيا المستقلة. ولكن في عام 1940 قامت قوى الاتحاد السوفييتي بمنع الجامعين، وقد دمرا في عام 1944 أثناء الحرب العالمية الثانية. في إحصائية رسمية عام 2000، كان عدد الناس الذين ذكروا بأنهم مسلمين هو 1387.