الهندسة الحيوية Biological engineering (يطلق عليها أيضا اسم هندسة الأنظمة الحيوية(بالإنجليزية: Biosystems engineering) ) تخصص علمي جديد يتعامل مع هندسة العلميات الحيوية بشكل عام. فهو هندسة تطبيقية واسعة الأساس يمكن ان تشمل تصميم منتجات ، تحسس و تحليل النظمة الحيوية.
بشكل عام المهندسون الحيويون يتعاملون مع الحقول الطبية أو الزراعية ( انظر هندسة طبية حيوية و هندسة زراعية ).