فى أول ولاية الشيخ إبراهيم حدثت فتنة في الطريقة و إنقسم مريدى الطريقة بين مؤيد للشيخ في السودان وهو الشيخ إبراهيم وهو الوارث لخلافة أبيه الشيخ محمد عثمان عبده البرهانى و آخر في القاهرة هو الشيخ مختار وهو أحد مريدى الشيخ محمد عثمان الذي إختاره الشيخ محمد عثمان بعد وفاته ليرسل على لسانه قصائد من عالم البرزخ تحتوى على نصائح وإرشادات ويخبر فيها عن علوم لدنية لأبناء الطريقة, إلا أن الشيخ مختار أصابه الكبر وظن أنه قد بلغ علما لم يبلغه أحد من قبله ( فتنه قارون-إقرأ سورة القصص من الآية 75 إلى الآية 85 )وأراد أن يخالف الناموس الكونى ليكون خليفةللشيخ محمد عثمان ، وإنقاد معه البعض من ذوى المصالح الذين غرتهم الحياة الدنيا مما أحدث شيئاً من الفرقة بين أبناء هذه الطريقة و التى تعد من كبرى الطرق الصوفية في مصر و العالم ، ويؤمن مريديها بجملة الأفكار والمعتقدات الصوفية، وإن كانت تختلف عن باقى الطرق في سلوك المريد وطريقة تربيته بالإضافة إلى اشتهارهم بالذكر المفرد "الله" أو مضمرًا "هو" و بقراءة الأوراد و إقامة الحضرات و الأذكار الدينية.