المقاومة الكيميائية هي استعمال مبيدات كيماوية (سموم) للقضاء على كائن حي معين، مثل استخدام الإنسان للسموم ضد الحيوانات التي تسبب التلف أو المرض. تعتبر هذه الطريقة أكثر خطورة من المقاومة البيلوجية لأن المادة السامة قد تضر بأحياء أخرى غير مستهدفة، وهذا قد يحدث خلل في التوازن البيئي. فمثلاً، لقتل البعوض في بركة يتم رشها بالمبيدات الحشرية، وهذا يعرض باقي الكائنات التي تستوطن هذه البيئة للخطر.