مقام النبي يونس يقع مسجد النبي يونس في مدينة حلحول التابعة لمحافظة الخليل، في إحدى أكثر المناطق ارتفاعا (1027 مترا) على الهضبة الفلسطينية الوسطى، في الضفة الغربية، وفي داخله قبر ينسب إلى النبي يونس، دون أن يوجد أحد يمكن أن يؤكد ذلك. لكن المعروف أن مسجدا قديما بني على القبر، ومنارة بناها الملك الأيوبي عيسى، ابن شقيق صلاح الدين عام 1226. ولم يبق من المسجد القديم والمنارة، إلا القليل، بعد أن اصبح قسما منه جزءا من المسجد الكبير الحديث. ويقع بجوار مقام النبي يونس، في مدينة «حلحول» الفلسطينية، طريق فرعية تؤدي إلى مقام آخر اقل شهرة، لكنه يكتسب أهمية فائقة، بسبب كشف غير متوقع فيه، حدث في أوائل ثمانينات القرن العشرين وما تزال أصداؤه تثير فضول الكثيرين، فقد عثر في هذا المكان، على ثاني أقدم نقش إسلامي في العالم، وبمحض صدفة.
يوجد مقام آخر للنبي يونس عليه السلام والذي يقع في شمال العراق في مدينة الموصل على الضفة الشرقية من نهر دجلة . حيث ينتصب جامع النبي يونس فوق تلة مرتفعة نسبيا تدعى تلة النبي يونس يمكن الصعود اليه عبر ادرج طويلة.وقد عرف ايضا بأسم مسجد التوبة.