متحف التاريخ الطبيعي في بغداد هو أحد متاحف العاصمة العراقية بغداد تأسس عام 1946م يقع في منطقة باب المعظم في الرصافة, يتميز في كونه يضم العديد من المجسمات لحيوانات محنطة و مجموعات للحشرات و النباتات التي تمثل تاريخ الحياة الفطرية في العراق بشكل خاص. إضافة إلى أن المتحف تتبعه مكتبة متخصصة بالتاريخ الطبيعي.
تعرض المتحف إلى تدمير و نهب بعد الفوضى التي اعقبت احتلال العراق عام 2003 مما أدى إلى فقدان و تلف العديد من محتوياته. و قد جرت محاولات لحماية ما تبقى من محتوياته و اعادة إحياءه بعد عام 2003م.