تنقسم دمشق إلى قسمين متميزين احدهما دمشق القديمة والأخرى دمشق الجديدة ، وتتميز دمشق القديمة بآثارها ومنها الجامع الأموي ، ويطلق عليه "جامع بني أمية الكبير"، ويقال أن الجامع الأموي أقيم مكان المعبد الآرامي " حَـدَد ْ" الذي يرجع إنشاؤه إلى مطلع الألف الأول قبل الميلاد ، وقد بني عليه المعبد الروماني للإله "جوبيتر الدمشقي" في القرن الثالث الميلادي وقد أقام البيزنطيين المسيحيين كنيسة القديس "يوحنا المعمدان" في نفس المكان أواخر القرن الرابع الميلادي. وقد أمر الخليفة الأموي "الوليد بن عبد الملك" بتحويله إلى جامع سنة 86هـ / 705 م وقام ببناء ثلاث مآذن له ومزيلاً معظم الآثار المسيحية منه ولكن مع ذلك بقي مجموعة من الآثار التي تدل على مسيحية كنيسة القديس يوحنا المعمدان وهي :
جـــــــــــرن معمــــــــــمودية داخل كنيسة مار يوحنا إن وزارة الأوقاف السورية، إذ تقوم اليوم بعمليات إصلاح وتجديد وترميم كبيرة على المسجد الأموي، فإن أعظم ما يُخشى هو أن تقوم هذه السلطات بإزالة بعض الآثار المسيحية المتبقية والتي اكتشفت مؤخراً بعد أعمال الترميم التي تمت خلال الأعوام الماضية. فبالإضافة إلى ضريح القديس يوحنا الذي لا زال قائماً داخل المسجد والذي ليس هناك ما يدعو إلى القلق على مصيره لاعتقاد المسلمين بكرامة يوحنا والذي يدعونه يحيى، هناك أيضاً داخل المسجد في الجهة الشمالية الشرقية، جرن رخامي عظيم القدم تظهر على جوانبه آثار المستحاثات وكان يستعمله المسيحيون لعماد أطفالهم.
الكتابة اليونانية على الباب الأساس لكنيسة مار يوحنا أما ما يُخشى عليه فهو الكتابة الموجودة على البوابة الجنوبية والمنقوشة بالأحرف اليونانية والتي تقول: "ملكك أيها المسيح ملك كل الدهور وسلطانك في كل دور فدور." هنالك أيضاً صورة لوجه السيد المسيح وعلى رأسه إكليل شوك، ظهرت مؤخراً على يسار البوابة الجنوبية الأخرى المواجهة لسوق الصاغة وقيل أنه قد سبق وان حاول المسؤولون إزالة هذه الكتابات والصور ولكن تدخل هيئة الآثار الدولية وتقديم تبرعات مادية قد حال دون ذلك.
مدفن رأس يوحنـــــــــــــــــا المعمدان وفى أركان المصلى حيث توجد حلقات تضم نحو عشرة أشخاص يدرسون تجويد القرآن الكريم بإشراف الشيوخ . يقع مقام جدرانه شبكية مذهبة يسميه المسلمين "مقام النبي يحيى" وهو " يوحنا المعمدان "الذي قام بتعميد السيد المسيح في "نهر الشريعة"( وهو جزء من "نهر الأردن")، و يضم رأس "النبي يحيى" ومن المعروف أن جسده في مصر حسب ما ذكر التقليد القبطى والكتب القديمة ولكن لا يعرف أحداً أين هو
نفق قديم يربط بين الكنائس أما في باحة الجامع، فهناك بقعة من الأرض تحت فناءٍ مسقوف، إذا ما وقف الزائر في منتصفها وضرب عليها بقدمه، فإنه يسمع صدىً عميقاً لهذه الضربات. ومردّ ذلك هو أن هذه البقعة، حسب خبراء الآثار، كانت مدخلاً أو مخرجاً لنفق طويل يربط كنيسة القديس يوحنا (الجامع الأموي) بكنيسة حنانيا، وهي كنيسة صغيرة تبعد عن المكان بما يقل عن الميل، وتقع إلى الجهة الشمالية من الباب الشرقي لدمشق في نهاية طريق صغير يحمل اسم الكنيسة نفسها. ولدخول هذه الكنيسة، ينبغي للزائر أن ينزل عدة درجات تحت الأرض وهناك يجد نهاية النفق في أسفل منتصف الحائط الغربي، وقد سدّ ببعض الأحجار خوفاً من دخول أحد إليه. وقيل أن المسيحيين كانوا يستعملون هذا النفق للانتقال بين الكنيستين أو كمعبر هروب خوفاً من الاضطهاد. وفي الستينات، خلال عمليات الحفر التي كانت تجري لتوسيع كنيسة الروم الأرثوذكس المعروفة بالمريمية، والواقعة بين كنيسة يوحنا وحنانيا، ظهرت أجزاء من النفق وقيل أن جماجم وهياكل بشرية عثر عليها في داخلها.