الكروماتين المتغاير Heterochromatin أحد أنماط الكروماتين (المادة الصبغية) ملطخة بلون غامق و موثقة بشكل محكم أو ملتفة خلال دورة حياة الخلية ، لهذا فهي على الأكثر غير فعالة وراثيا . نمبز منها نمطين كروماتين متغاير قوامي (تأسيسي) constitutive heterochromatin و كروماتين متغاير اختياري facultative heterochromatin .