ولد القديس شربل في 8 ايار 1828، في بقاعكفرا من لبنان الشمالي، في أعلى قرية من لبنان. ابوه انطون مخلوف وامه بريجيتا عُرفا بتقواهما الصحيحة.
ترك يوسف بيت ابيه بعمر الثالث والعشرين وقصد الترهّب في الرهبانية المارونية اللبنانية. دخل الابتداء في دير سيدة ميفوق، ثم انتقل إلى دير مار مارون عنايا حيث اتم عامه الثاني من الابتداء. عينه الرؤساء تلميذا فأُرسِلَ إلى دير كفيفان حيث قضى ست سنوات في درس الفلسفة واللاهوت وتربى هناك على ايدي رهبان قديسين، خاصة الآب نعمة الله الحرديني، المعروف "بقديس كفيفان". رسمه كاهنا، في بكركي، المطران يوسف المريض في 23 تموز 1859
أقام الأب شربل في دير مار مارون عنايا، بعد سيامته، مدة 16 عاماً، متمرساً بأسمى الفضائل الرهبانية. ولا سيما فضيلتي التواضع والطاعة.
وقد اجرى الله على يده في الدير آيات باهرة، منها "آية السراج" الذي ملأه له الخادم ماءً بدل الزيت، فأضاء له ساعات صلاته الليلية.
طلب من رؤسائه، بالهام الله، الاستحباس في محبسة دير عنايا، فأذنوا له بذلك عام 1875، حيث قضى فيها 23 سنة.
لقد اطلق العنان، في المحبسة، لكل رغائب قلبه السخي العطاء. فضاعف اعماله التقشفية وزاد شغفاً بالتأمل والصلاة والاستغراق بالله، حتى اصبح "انسانا سكران بالله"... ومن تقشفاته انه كان يركع على طبق من قصب ذي حروف شائكة. يلبس المسح على جسده، ينام قليلاً ويصلّي كثيراً ويعمل في الحقل عمل اليد بموجب قانون الحبساء.
وما لبث ان انتشر عرف قداسته، فأخذ الناس يقصدونه لينالوا بركته ويلتمسوا منه شفاء امراضهم وخصب مواسمهم.
وقد اجرى الله على يده آيات عديدة في حياته.
وعام 1898، في الأسبوع السابق لعيد الميلاد، شرع الحبيس يتلو القداس كعادته. فما ان تلا كلام التقديس وبلغ إلى رفعة الكاس والقربان، تاليا صلاة "يا أبا الحق"، حتى اصابه عارض الفالج، فاستمر رافعاً الكأس والقربان واصابعه متشنجة عليه. تمكن رفيقه الأب مكاريوس من نزع الكأس والقربان من يديه وحمله إلى غرفته. قاسى اوجاعاً مرة، مده ثمانية ايام، دون ان ينقطع عن اتمام قداسه، إلى ان اسلم روحه بكل هدوء مساء عيد الميلاد عام 1898.
دُفِنَ الأب شربل في مقبرة الدير العمومية. وقد شاهد اهلُ الجوار ليلة دفنه نورا يتلألأ فوق ضريحه، وتكرر ظهور النور طوال 45 ليلة.
ولكثرة الخوارق، أذن البطريرك الياس الحويك بفتح قبره، فوُجدَ جسمهُ سالماً من الفساد، وجرى من خاصرته دم ممزوج بماء، واخذ جثمانه ينضح عرقاً دموياً.
أُعيد جثمانه إلى قبر جديد عام 1926.
وسنة 1950، في 22 نيسان، كشفت على الجثمان لجنتان طبيّة وكنسية. بان جثمانه سليماً صحيحاً، كما كان قبلاً، مغموراً بدمه الراشح منه.
وانتشر خبر هذه الظاهرة، فتهافت الناس ألوفاً إلى الدير. فتكاثرت حول الضريح حوادث الشفاء من امراض متنوعة مستعصية. فضج لبنان والعالم بأخبار هذه الحوادث الخارقة، وتماوج الزوار في اروقة الدير كبحر زاخر، مصلين، تائبين، خاشعين.
وعام 1965، في ختام المجمع الفاتيكاني الثاني، رفعه قداسة البابا بولس السادس إلى شرف الاكرام على المذابح وأحصاه في مصاف الطوباويين. وقد تشيّدت على اسمه كينسةٌ في عنايا، قرب ضريحه، تُعدّ اليوم من اجمل كنائس الشرق.
وقد اعلن قداسة البابا بولس السادس نفسه الطوباوي شربل قديساً في التاسع من شهر تشرين الأول 1977.