خالد شيخ محمد كويتي باكستاني الأصل, وكانت السلطات الأمريكية تعتقد أن شيخ محمد هو ثالث أبرز قادة تنظيم القاعدة قبل اعتقاله في مارس 2003 وتم احتجازه في مكان مجهول حتى تم تحويله إلى سجن جوانتنامو.
وفي يوم الخميس 15 مارس 2007 اعترف شيخ محمد أنه المسؤول عن أحداث 11 سبتمبر من الألف إلى الياء كما اعترف خالد شيخ محمد بالتخطيط ل29 عملية إرهابية أخرى، بما في ذلك شن هجمات على مبنى ساعة بيغ بن ومطار هيثرو في لندن.
ومن بين تلك الهجمات، التي قال محمد إنه مسؤول عن التخطيط لها، محاولة تفجير طائرة ركاب فوق المحيط الأطلسي، باستخدام متفجرات مخبأة في أحذية، وتفجير ملهى ليلي في جزيرة "بالي" بإندونيسيا، بالإضافة إلى هجوم آخر على مركز التجارة العالمي في العام 1993.
وعلق الظواهري -الرجل الثاني في القاعدة- على هذه الاعترافات: الظواهري يتحدث عن اعترافات خالد شيخ محمد
في يوم الخميس 5 حزيران 2008 جرت اول جلسة لمحاكمة خالد شيخ محمد مع اربعة من رفاقه، وقد فاجأ خالد ورفاقه الجميع برفضه لمحاميي الدفاع مشيرا الى انه يرفض ان يدافع عنه امريكي يرأسه بوش وانه لا يريد من يمثله بل هو سيرافع عن نفسه شخصيا والله هو وكيله، وسأله القاضي: «هل تفهم أنك ستواجه عقوبة الإعدام»، فرد بالقول: «هذا ما أتمناه وما أردته طويلاً عندما حاربت الروس في أفغانستان». وأضاف: «الله سيعطيني ذلك منك» (أي القاضي).