بدأت الحملة الصليبية السادسة عام 1228 كمحاولة لإعادة السيطرة على القدس. بدأت بعد سبع سنوات فقط من فشل الحملة الصليبية الخامسة بعد ان استطاع ملك دمشق - الكاملايقاف الصليبيين وافشال حملتهم في الشرق .
بعد مرور اقل من 10 سنوات من نهاية الحملة الصليبية الخامسة بدأت الحملة الصليبية السادسة التي ترأسها الامبراطور فريدريك الثاني هوهنشتاوفن الالماني الذي نذر النذر الصليبي للحملة السابقة ولم يفي به حينها ، واراد الامبراطور ان يحقق مقاصده دون ان يسحب سيفه من غمده ، فتزوج في صيف 1225 من ابنة ملك القدس يوحنا دي بريان (يولاندي والمعروفة أيضا بإسم إيزابيلا) وتزوج كذلك من ماريا من مونتفيرات، واخذ يطالب بعرش مملكة زالت من الوجود ، ودخل في مفاوضات مع السلطان الكامل ب دمشق ، الامر الذي اثار غضب روما ، وقيّم البابا مسلك فريدريك الثاني بكل قساوة واتهمه باهمال "قضية الرب" بل انه هدده بالحرم من الكنيسة وفرض غرامة مقدارها 100 الف اوقية من الذهب اذا لم تقم الحملة الصليبية في آخر المطاف ، وقد ارجئ البدء بها إلى اغسطس 1227 ـ وبدأ فريدريك الثاني ببناء السفن واستأنفت روما في الدعوة إلى الحرب المقدسة ولكن الدعوات قوبلت باللامبالاة ولو اراد فريدريك لما استطاع ان يجمع في الوقت المعين ما يكفي من الناس لاجل بعثة ما وراء البحار ، وفي هذه الاثناء ، وقبل خمسة أشهر من الموعد المعين توفي البابا اونوريوس الثالث.
في صيف 1227 تجمع بضع عشرات من الآلاف من المجندين ، معظمهم من ألمانيا والبقية من فرنسا وانجلترا وايطاليا في معسكر قرب برنديزي والبعض الاخر في ابحر إلى صقلية ، ولكن الامراض وقلة المؤون ومرض فريدريك الثاني ادى إلى ارجاء الحملة ، ولكن البابا الجديد غريغوريوس التاسع حرم فريدريك الثاني من الكنيسة ، وتشفياً بالبابا ابحر الامبراطور إلى سوريا في صيف 1228 ، فكان من البابا ان منع الحملة الصليبية ووصف فريدريك بانه قرصان وبانه يريد سرقة مملكة القدس ، فكانت أول حملة صليبية لا يباركها البابا ، ولكن فريدريك الثاني لم يأبه فاستولى على قبرص ووصل إلى عكا ، حيث بدء المفاوضات مع السلطان الكامل اسفرت في فبراير 1229 عن صلح لمدة 10 سنوات تنازل بمقابله السلطان عن القدس باستثناء منطقة الحرم ، وبيت لحم والناصرة وجميع القرى المؤدية إلى القدس ، وقسم من دائرة صيدا وطورون (تبنين حاليا) ، وعزز الامبراطور الالماني بعض الحصون والقلاع واعاد تنظيمها ، ووقع مع مصر عدّة اتفاقيات تجارية ، وتعهد فريدريك الثاني بمساعدة السلطان ضد اعدائه ايا كانوا ، مسلمين ام مسيحيين وضمن عدم تلقي القلاع الباقية خارج سيطرته اية مساعدة من اي مكان.
في 18 مارس 1228 توّج فريدريك الثاني نفسه بنفسه في كنيسة القيامة ، فقد رفض رجال الدين تتويج الامبراطور المحروم من الكنيسة ، وفرضت البابوية منعا لممارسة الطقوس الدينية في القدس ، ودفع البابا مواليه إلى ممتلكات فريدريك في إيطاليا ، فاسرع فريدريك إلى المغادرة ونشب صراع مسلح ضد الحبر الاعظم ، والحق الهزيمة بالبابا ؛ وفي سنة 1230 الغى البابا الحظر عن فريدريك وصادق في السنة التالية على معاهداته مع السلطان الكامل في دمشق ومع المسلمين .