جهاز الغشاء الداخلي (بالإنجليزية: Endomembrane system) هو مجموعة من الأغشية الموجودة في الخلايا الحقيقية النواة تتكون هذه الأغشية من طبقة مزدوجة من الدهون و البروتينات. تعمل على تقسيم الخلية إلى مناطق تركيبية و وظيفية و دعم الخلية هيكليا وتعمل أيضا كوسيلة لنقل الجزيئات في داخل الخلية من عضية إلى أخرى.
يضم جهاز الغشاء الداخلي عدة عضيات: