التهجين الموضعي (بالإنجليزية: In situ Hybridization) هي وتقنية وراثية خلوية تستخدم للتحري عن تسلسل معين من الدنا أو الرنا في نسيج ما و لهذا السبب سمي بالتهجين الموضعي . يتم تحديد مكان هذا التسلسل باستخدام مسبار متمم للتسلسل المراد تحديد مكانه.
تبدأ العملية بتثبيت العينة المراد فحصها بطور معين يسهل دخول المسبار و الإتحاد مع التسلسل المتمم، بعدها يتم غسل العينة للتخلص من المسابر الزائدة التي لم تتحد مع التسلسل المتمم. يتم التحري عن وجود التسلل باستخدام مجهر معين ( مشع أو متألق أو مناعي) و ذلك بحسب المادة المُعلِّمة للمسبار و التي قد تكون مشعة أو لاصفة أو مناعية.
يستخدم التهجين الموضعي في العديد من التطبيقات الطبية التشخيصية كالتحري عن وجود صبغي فلادلفيا.