تعود تسمية المركبات العضوية إلى أيام كانت تقسم فيه المركبات إلى قسمين اعتماداً على منشأها . فالمركبات العضوية كانت تطلق على المركبات المشتقة من أجسام الكائنات الحية . أما المركبات غير العضوية فقد كانت تطلق على المركبات المشتقة من الأتربة والصخور .
وفي القرن التاسع عشر قام العالم فوهلر بتصنيع مادة عضوية ( اليوريا ) من مادة غير عضوية ( سيانات الأمونيوم ) . وقد ادى ذلك إلى إعادة النظر في تعريف المركبات العضوية على انها المركبات المشتقة من الكائنات الحية .
في الوقت الحاضر تطلق تسمية المركبات العضوية على مركبات الكربون إذ أن جميع المركبات العضوية ذات المنشأ الحي أو غير الحي تشترك فيما بينها في احتوائها على عنصر الكربون . وتطلق تسمية المركبات العضوية الحياتية على المركبات العضوية الموجودة داخل أجسام الكائنات الحية