عملية تحلية مياه الآبار تعتبر في الدرجة الثانية من التعقيد الفني بعد تحلية مياه البحر وتكمن المشكلة الرئيسية فيها في وجود أملاح كربونات الكالسيوم بنسبة عالية و كذلك السيليكات و التي تسبب سرعة انسداد الأغشية في بعض الأحيان كما أنه في بعض الأحيان تتركز فيها الأملاح لدرجات عالية جدا تصل إلى أعلى من ملوحة ماء البحر.