تعامل الأعداد السالبة في نظام الترقيم الثنائي بنفس الطريقة التي تعامل بها الأعداد السالبة في النظام العشري ( فمثلا إضافة عدد موجب إلى عدد سالب يطرح العدد الأصغر بالقيمة المطلقة من العدد الأكبر وتعطى إشارة العدد الأكبر للناتج ) .
للتمييز بين الأعداد الصحيحة الموجبة والسالبة في النظام الثنائي الممثلة بـ n خانة ثنائية يمكن حجز الخانة الأكثر أهمية ( MSB : Most Significant Bit) لتمثيل الإشارة .
مثال :
عدد ثنائي مكون من سبع خانات ثنائية n = 7 Bits MSB = 0 العدد موجب MSB = 1 العدد سالب
N = 0 1 1 0 1 1 0
N = 1 1 1 0 1 1 0
الرقم بالخط العريض يشير إلى الخانة الأكثر أهمية MSB.